Sistem file adalah cara yang dipakai Windows untuk menyimpan file ke hard disk, ini dapat dianalogikan seperti cara suatu perpustakaan mengatur penempatan buku di raknya. Pada Windows versi terdahulu, sistem file yang digunakan yaitu FAT32. Pada versi yang baru sudah mulai memakai NTFS (New Technology File System).
NTFS punya banyak keuntungan. Yang terpenting file tidak begitu terpecah-pecah saat disimpan sehingga Anda tidak perlu terlalu sering melakukan defrag.